Handverpackungen kommen primär bei Kleinserien zum Einsatz. Das Füllgut wird in vorkonfektionierte Sterilbarrieresysteme manuell eingeschweißt. Dies können 3-Rand-Siegelbeutel, Klappenbeutel oder Hartschalen mit Abdeckung sein, die beispielsweise mittels Balken- oder Durchlaufsiegelgerät verschlossen werden. Handverpackungen eignen sich für nahezu alle Füllgüter.