Les emballages réalisés à la main s'utilisent principalement pour les petites quantités. Les produits sont emballés et scellés à la main dans des systèmes de barrière stérile prêts à l'emploi. Il peut s'agir de sachets scellés sur 3 côtés, de sachets à rabat ou de coques dures à opercule qui se scellent à l'aide d'une thermoformeuse à impulsions ou à défilement continu. Les emballages réalisés à la main conviennent à pratiquement tous les produits.